עקרון העבודה של מכונת אריזת מזון בוואקום כולל בעיקר את השלבים הבאים:
מילוי חומר: הנח את המזון שיש לארוז בשקית האריזה, וודא שפתח השקית שטוח וללא קמטים-.
עיבוד ואקום: הנח את שקית האריזה המכילה את המזון במיקום המיועד בתא הוואקום, סגור את מכסה תא הוואקום ולחץ אותו בחוזקה ליצירת חלל אטום. הפעל את משאבת הוואקום, שואב אוויר מתא הוואקום דרך צינור הוואקום. במקביל, נשאב גם אוויר משקית האריזה. ברגע שמגיעים לרמת הוואקום שנקבעה מראש, משאבת הוואקום מפסיקה לפעול.
איטום בחום: במהלך או לאחר עיבוד ואקום, תבנית האיטום בחום נעה כלפי מטה מתחת לכונן של צילינדר, לוחצת כלפי מטה על פתח שקית האריזה. גוף החימום מתחיל לחמם, להמיס ולאטום את פתח שקית האריזה. אלמנט בקרת הטמפרטורה מבטיח שליטה מדויקת על טמפרטורת החימום, מניעת התחממות יתר או תת-חימום. לאחר השלמת האיטום בחום, תבנית האיטום בחום נעה כלפי מעלה ועוזבת את שקית האריזה.
החזרת אוויר ומכסה פתיחת: לאחר איטום חום, אוויר מוזרק לתא הוואקום כדי להחזיר את הלחץ פנימה ללחץ אטמוספרי. מכסה תא הוואקום מתרומם אוטומטית תחת פעולת קפיץ מתיחה או צילינדר, מה שמקל על הסרה של מוצרים ארוזים.
פעולה מחזורית: תא הוואקום מועבר לתא ואקום אחר (עבור מכונות אריזה בוואקום דו--תאי או רב-תאי), או שהמכונה ממתינה להכנסת האריזה הבאה לתא הוואקום (עבור מכונות אריזה ואקום-חד-תאיות), ובכך מתחילה תהליך העבודה הבא. החדר השמאלי והימני או תא ואקום יחיד פועלים לסירוגין, וחוזרים על המחזור.